Exemplo - trocar pasta desktop
1-Crie o diretório novo onde será seu desktop
#Exemplo:
mkdir ~/Desktop
2-Edite sua configuração do Gnome
gedit ~/.config/user-dirs.dirs.
3-Mude a entrada XDG_DESKTOP_DIR para seu novo diretório
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Download"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/Templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Public"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Music"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"`
4-Faça logout e login novamente