O custo operacional do produto pode ser adicionado a margem líquida do produto através da seguinte ferramenta:

Note que pode ser informa um percentual de custo operacional para cada estrutura mercadológica, consequentemente todo produto que fizer parte da estrutura terá a sua margem líquida influenciada por este custo operacional.
Percentuais de custo operacional de estruturas de níveis mais baixos, como por exemplo seção, prevalecem sobre as de níveis maiores, como no caso o departamento.
O destaque em negrito em algumas estruturas, indica que um ou mais níveis abaixo dela possui um custo operacional próprio.
Após fazer todas as alterações, caso queira aplicar os valores a todas as lojas marque a opção "Aplicar a todas as lojas" antes de gravar as alterações.
Onde estará visível
Este percentual de custo operacional estará visível nas ferramentas que manipulam o custo e o preço do produto, conforme podemos notar no exemplo abaixo:

Note que o custo operacional é aplicado sobre o valor de venda do produto, influenciando assim a margem líquida do produto.