Tome como regra que toda a nota de prestação de serviço deve ser lançada apenas como despesa (energia, manutenções, água...), as demais devem ser lançadas como entrada normalmente. 

Agora, é importante lembrar que o campo "Tipo do produto", no cadastro de cada produto utilizado, deve estar correto. Os principais são:

•00-MERCADORIA PARA REVENDA

•01-MATÉRIA-PRIMA 

•07-MATERIAL DE USO E CONSUMO 

•08-ATIVO IMOBILIZADO

Após dar entrada, quando for utilizar a mercadoria em sua loja, use no menu Estoque -> Movimentações Internas -> Manutenção uma das agendas abaixo conforme a necessidade:

Uso e consumo 

•9-USO E CONSUMO INTERNO SALDO DA LOJA

•59-USO E CONSUMO INTERNO SALDO TROCA

•76-SUPRIMENTO LOJA

Uso de mercadorias para produção de uma mercadoria para revenda

•38-USO INTERNO MATÉRIA PRIMA

•8-USO INTERNO P/PRODUÇÃO-SALDO LOJA

•7-USO INTERNO P/PRODUÇÃO-SALDO TROCA