Localizado no menu: Sistema -> Parâmetros -> Gerais, na opção Estoque->Entradas temos os parâmetros que vão influenciar a entrada.

Parâmetros
Faturamento
•Cadastro
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Este parâmetro é o que ativa as verificações do pedido durante a entrada. É altamente recomendado que esta opção esteja ativa. Caso contrário não será tomada qualquer ação relacionada a pedidos durante as entradas.
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Permite que o usuário que está dando entrada altere a figura NCM do produto (NCM, MVA, Aliq.Interna). É recomendado que esta opção não esteja marcada.
•Faturamento - Custo
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Quando confirmar a entrada, o novo custo substituirá o atual do produto para a loja. (recomendado)
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Com este parâmetro habilitado, o novo custo que substituirá o atual do produto na loja será sempre o negociado no pedido. Mesmo que o custo da nota fiscal seja diferente. É recomendado que este parâmetro não esteja habilitado.
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Ao dar entrada o percentual informado aqui será fixado no item da entrada.
•Faturamento - Venda

Esta opção habilita o processo que atualiza o valor de venda do produto ao confirmar a entrada. Para formar este valor de venda temos três opções:
1.Formar o valor de venda utilizando a margem de venda do cadastro do produto
2.Manter o valor de venda do sistema
3.Manter o valor de venda do pedido
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Permite ao usuário que está dando entrada alterar o novo valor de venda.
•Geral
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Esta opção faz com que o que foi configurado nos parâmetros acima seja aplicado a todas as lojas. Exemplo: ao dar entrada em um produto, o seu novo custo será atualizado na loja e, caso este parâmetro esteja ativo, o custo será gravado também em todas as lojas. É recomendado que esta opção não esteja habilitada. Importante lembrar que nas transferências de mercadoria, o custo do produto da loja de origem é enviado para a loja de destino.
•Cadastro
Informações para localizar o arquivo da NF-e.

Informe na coluna "Pasta com os XMLs" o local onde será mantido os arquivos da NF-e no formato ".xml".

A seguir na coluna "Email NF-e", informe o email para onde os fornecedores estão enviando os arquivos da NF-e e sua senha na coluna ao lado.
Durante a entrada caso o sistema não encontrar o arquivo da NF-e na pasta da loja, será executado um processo para baixar os novos arquivos no email informado da loja. Esses novos arquivos serão mantidos na pasta que foi configurada para a loja.
As próximas opções servem para confirmar se os parâmetros que informamos estão corretos.
Testa os parâmetros, como o email e senha.
Executa a rotina que baixa os novos arquivos da NF-e do email e os move para a pasta configurada para a loja.
No cadastro da entrada caso tenha alguma diferença entre o pedido e a entrada, caso este parâmetro esteja habilitado, o usuário terá a opção de corrigir a diferença criando novos pedidos ou aceitando custos diferentes do pedido. (Não é recomendado)
Confirmação
•Confirmação da Entrada
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Valor máximo permitido como diferença entre o total da nota e o valor dos itens. Caso deixe vazio este campo o sistema terá como padrão 10 centavos (R$ 0,10).
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Sempre que gravar a entrada haverá a opção para confirmar. (Não é recomendado)
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Após confirmar a entrada abre a opção para lançar no Contas a Pagar.
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Opção utilizada somente em Centrais de Compra para alterar a quantidade rateada aos clientes.
•Confirmação da Entrada no Financeiro
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Habilita opção para cancelar o lançamento no financeiro ou seja, a entrada não irá mais aparecer como pendente para lançar no financeiro mesmo sem registros no pagar.
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Permite lançar no financeiro entradas sem terem sido confirmadas.
Receber
•Lançamento no contas a receber do fornecedor
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Habilita processo que irá lançar registros no receber para o fornecedor, com as diferenças entre o custo do pedido e o da entrada. Tal lançamento no receber ocorrerá após confirmação de um usuário responsável.

Informações para o lançamento no receber das diferenças entre custos.
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Valor mínimo para considerar como diferença que tenha de ser lançado um registro no receber para o fornecedor. Este valor será utilizado para comparar o custo das unidades de compra da entrada.